回国再申请一本护照,那现在在用的护照会自动作废么?

没有。也不需要。

如果你入英国的时候,你的旧护照没过期且上面的PR有效,那就没问题。不过很奇怪你的旧护照为什么没被剪,可能是疏忽了。。